Un nuovo software per facilitare l’analisi genomica del SARS-CoV-2

CNR-IBIOM,Università degli Studi dii Milano e Università di Bari un nuovo strumento per individuare nuove varianti del virus

I ricercatori dell’Istituto di Biomembrane, Bioenergetica e Biotecnologie molecolari del Consiglio Nazionale delle Ricerche (Cnr-IBIOM) di Bari, dell’Università Aldo Moro di Bari e del Dipartimento di Bioscienze dell’Università degli Studi di Milano hanno sviluppato un software per facilitare l’analisi del genoma del coronavirus SARS-CoV-2, l’agente patogeno che causa il COVID-19.

Lo studio è stato pubblicato su Bioinformatics, in un articolo dove viene specificato come durante la pandemia sono state sequenziate e rese disponibili oltre 400 mila sequenze genomiche appartenenti a differenti ceppi del virus identificate in diverse zone del mondo: una ricchezza di dati che però ha generato anche problemi in termini di analisi, in relazione alla loro enorme quantità.

Per rispondere a questa esigenza gli autori dello studio hanno sviluppato CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool), uno strumento dotato di un’interfaccia web che ne facilita l’utilizzo, accessibile a tutta la comunità scientifica. A oggi, sottolinea Graziano Pesole del CNR-IBIOM, “CorGAT è probabilmente il più aggiornato e accurato sistema per eseguire questo tipo di analisi”, dato che “è stato sviluppato per incorporare la maggiore quantità di informazioni possibile e integra una serie di risorse e sistemi originali per l’annotazione del genoma”.

Applicando CorGAT a più di 50 mila sequenze genomiche, gli autori dello studio sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive di SARS-CoV-2 e di individuare le regioni del genoma che accumulano più mutazioni.

La rapida identificazione di ceppi virali emergenti o di varianti genetiche potenzialmente associate a nuove caratteristiche è uno degli obiettivi più importanti della sorveglianza genomica – lo studio del genoma dei patogeni – e si applica, ad esempio, per l’identificazione e caratterizzazione delle cosiddette nuove varianti del virus.

CorGAT e strumenti simili, applicati su larga scala, potranno facilitare lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di SARS-CoV-2, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini.

CorGAT è liberamente accessibile ed è aggiornato costantemente, per offrire informazioni sempre più accurate e precise. Lo strumento è stato realizzato con il supporto di una piattaforma cloud, Laniakea, resa disponibile dalla Computer Platform del nodo italiano dell’Infrastruttura di ricerca europea ELIXIR per le Scienze della vita, coordinata dal CNR sotto la responsabilità di Pesole.s